Viện có cơ cấu bao gồm như sau:
1. Lãnh đạo Viện bao gồm:
- Giám đốc: PGS. TS. Phạm Ngọc Trâm
- Phó Giám đốc: TS. Trần Hạnh Minh Phương
2. Các chuyên viên phụ trách các hoạt động chính:
- Chuyên viên nghiên cứu : ThS. Nguyễn Quang Huy, ThS. Đinh Thị Hòa
- Chuyên viên Hành chính : Nguyễn Thị Mai Khoa.
3. Chương trình mô hình và mô phỏng trong thời đại kỹ thuật số
- Giám đốc: TS. Trần Văn Xuân
- Thư ký: ThS. Bùi Sỹ Vương
- Chuyên viên: ThS. Huỳnh Thân Phúc, ThS. Nguyễn Triệu Nhật Thanh
4. Chương trình nghiên cứu các vấn đề xã hội và hình thái kinh tế xã hội trong thời kỳ công nghiệp 4.0
- Giám đốc : GS. TS. Bùi Thế Cường